Villa Schifanoia fue construida sobre los restos de una casa rústica de la villa de propiedad de los Palmieri, que se encuentra poco distante. Como su propio nombre indica, se trata de un lugar dedicado al placer y al ocio (schifanoia significa "esquivar el aburrimiento").

El núcleo principal de la villa fue construido en el siglo XV y siguióo siendo propiedad de la familia Cresti hasta 1550, año en el cual el edifico fue vendido a Bartolomeo di Bate di Zaccheria.

Tras haber cambiado varias veces de propiedad, en 1927 la villa fue adquirida por el americano Myron Taylor, embajador estadounidense en el Vaticano. El embajador mandó restaurar la villa y transformó el parque en un espléndido jardín a la italiana.
Anteriormente, se había añadido a la villa una capilla y el ala norte occidental de la villa, conocida también como la "villetta".

Después de la muerte de Taylor, la villa pasó a las manos de la Santa Sede, que la destinó al colegio para jóvenes americanas que se encuentran en Florencia por motivos de estudio. En 1986, la villa el estado italiano la compró y hoy acoge el prestigioso Instituto Universitario Europeo.