La Villa Schifanoia fut érigée sur les ruines d’une bâtisse située sur les terres de la famille Palmieri, dont la propre villa se tenait à proximité. Comme l’indique son nom, il s’agissait d’un lieu consacré au repos et au plaisir: "schifanoia" signifie en effet "schivare la noia", c’est-à-dire "esquiver l’ennui".

Le corps principal de l’édifice fut construit au XVème siècle et resta en possession de la famille Cresti jusqu’en 1550, vendu alors à Bartolomeo di Bate di Zaccheria.

En 1927, l’américain Myron Taylor, ambassadeur des États-Unis auprès du Saint-Siège, acheta la villa qui, au cours des siècles antérieurs, avait déjà fait l’objet de plusieurs passations de propriété. Il fit restaurer l’édifice et transforma le parc en un splendide jardin à l’italienne.
Auparavant avaient aussi été ajoutées la chapelle et l’aile nord-occidentale, également appelée "villetta" (petite villa).

À la mort de Taylor, le Saint-Siège acquit le domaine et le convertit en un collège pour les jeunes filles américaines venues étudier à Florence. Puis en 1986, elle passa entre les mains de l’État italien et ses murs accueillent depuis lors le prestigieux Institut Universitaire Européen.