La Villa La Pietra tient son nom du lieu où elle est sise, le long de la Via Bolognese. C’est qu’à son propre tour, le nom de la localité (« pietra » signifiant « pierre »), provient d’une borne milliaire d’origine romaine qui indiquait la distance de sept milles à compter de la porte septentrionale de Florence.

Le banquier Francesco Sassetti acheta la propriété en 1460 et fit agrandir la demeure, la transformant en une villa véritable, selon les principes de l’architecture de la Renaissance. La famille Sassetti, qui possédait aussi la Villa Sassetti, vendit celle de La Pietra à la famille Capponi en 1546.

Le Cardinal Luigi Capponi chargea l’architecte Carlo Fontana de restructurer la bâtisse, la faisant évoluer vers la résidence baroque que l’on peut admirer aujourd’hui encore. Seuls quelques éléments parmi ceux qui remontent au XVème siècle ont survécu à ces modifications.

En 1814, Gino Capponi y accueillit Ferdinand III, Grand-duc de Toscane, et durant les années où Florence fut capitale du Royaume d’Italie, la Villa La Pietra fut le siège de l’ambassade de Prusse.

Elle devint le domaine d’Arthur et Hortence Acton, en 1904, qui remanièrent le parc selon le modèle typique du jardin à l’italienne, et l’ornèrent de statues provenant de célèbres villas situées sur les bords du fleuve Brenta.

Le fils d’Arthur, Harold Acton, écrivain et collectionneur d’art, convertit l’édifice en un important centre culturel, y abritant quantité de tableaux, statues, tapisseries, fresques, céramiques et pièces archéologiques.