La Villa Borromeo doit son nom à la famille notoire dont sont issus les cardinaux Carlo (sanctifié en 1610) et Federico. Les Borromeo la firent ériger dans la campagne toscane à une période qui nous est inconnue et en restèrent maitres jusqu’en 1704.

Si la date de construction de l’édifice est floue, on sait toutefois qu’il existait en 1456, car y séjourna Saint Antonino, alors évêque de Florence.

Suite à la célèbre conjuration des Pazzi, la demeure, qui faisait partie de la dot de la fille de Giovanni Borromeo, devenue l’épouse de Giovanni Pazzi, fut cédée à une autre branche de la famille Borromeo, dont les membres soutenaient les Médicis.

En 1704, la moitié de la villa fut achetée par la famille Capponi, qui plus tard devint propriétaire de l’ensemble du domaine. Ils y firent bâtir une chapelle digne d’intérêt sur le plan artistique.

Une plaque commémorative rappelle qu’en 1848, Marie-Antoinette de Bourbon-Sicile, femme du Grand Duc Léopold II, se réfugia avec ses fils et sa cour dans cette villa entourée d’un joli jardin à l’italienne afin d’échapper aux mouvements insurrectionnels.