La Villa Reale di Marlia fue originariamente una fortificación del Duque de Tuscia, que se remonta al siglo X. Un documento de 1517 testimonia la venta a la familia Buonvisi por parte de la familia Avvocati. Más adelante, a causa de la quiebra de su negocio, los Buonvisi se vieron obligados a vender la villa a Lelio y Oliviero Orsetti en 1651.

Los Orsetti hicieron construir la antigua “Palazzina dell’Orologio” (Palacete del Reloj) y realizaron un magnífico jardín barroco, decorado con espléndidos juegos de agua, ninfas y estatuas.

En 1806 la villa fue adquirida por Elisa Baciocchi, hermana de Napoleón y reina de Etruria (de aquí el nombre de “Villa Reale” (Villa Real). Elisa adquirió también la “Villa del Vescovo” (Villa del Obispo) e inició inmediatamente los trabajos para la fusión de ambas propiedades.
Para poder acoger a toda su corte, a la villa se le añadió un piso; contemporáneamente se procedió a la transformación del jardín en un “jardín a la inglesa” con la eliminación de muchos elementos barrocos y dejando en pie sólo la capilla y la “grotta di Pan” (gruta de Pan).

Después de la caída de Napoleón la villa, en la cual se exhibió muchas veces Niccoló Paganini, sufrió varios pasajes de propiedad.